L'orgue de l'église Saint-Gilles a disparu à la suite du bombardement du 10 juin 1944. Des bombes ont détruit une partie de la voie ferrée et aussi malheureusement des maisons avoisinantes et une partie de l'église.
Un reliquat de tuyauterie en bois comprend un mélange des tuyaux de facture plutot classique (XVIIIè ?) tandis que d'autres sont sans conteste d'esthetique romantique.
Un document d'archives daté de 1840 mentionne une plainte déposée contre le trésorier de la paroisse de Saint-Gilles, qui aurait vendu sans autorisation le positif et le cornet de récit de l'orgue de cette église pour une somme bien inférieure à la valeure réelle de ces objets.
On peu en déduire que l'instrument visible sur cette photographie d'avant guerre a été reconstruit dans un style romantique avec réutilisation d'une partie de la tuyauterie de l'ancien orgue.
Il n'y a pas pour le moment et à notre connaissance, d'éléments plus précis sur cet orgue disparu.
Pour réparer l'injustice de la disparition de cet orgue, une quinzaine de familles étampoises ainsi que la ville d'Étampes ont financé la reconstruction d'un nouvel orgue qui sera installé courant 2017 et inauguré au printemps 2018.
Réalisé par Bertrand CATTIAUX, facteur d'orgues natif du quartier Saint-Gilles, ce nouvel orgue comportera 27 jeux répartis sur trois claviers manuels et pédale.
Son esthétique sera inspirée de l'orgue de Bolbec, c'est à dire du début XVIIe français et complètera celle de l'orgue de la collégiale Notre-Dame.
Voir les photos sur le site du facteur d'orgues Bertrand CATTIAUX, à la rubrique "en cours".